تدار أعمال المؤسسة ومشروعاتها الثقافية بما في ذلك شؤون الجائزة وتشكيل لجان التحكيم و إقرار نتائج عملها من خلال مجلس أمناء يتألف من نخبة من رجال الفكر و الأدب في الوطن العربي ويقوم بعمله وفقاً للائحة الخاصة التي اعتمدها رئيس المجلس و تنص على الآتي :

المادة الأولى : يتألف مجلس أمناء مؤسسة جائزة عبد العزيز سعود البابطين من الأمين العام للمؤسسة ومن تسعة أعضاء على الأقل من رجال الأدب في الوطن العربي ، ويرأس المجلس الأستاذ عبد العزيز سعود البابطين أو من ينيبه عنه .

المادة الثانية : يتولى مجلسالأمناء إدارة شؤون مؤسسة الجائزة و التخطيط لها ، وهو المسؤول عن إقرار كل مايتعلق بالجائزة من حيث شروطها ، وفروعها ، وصيغة الإعلان عنها ، وتسمية أعضاء لجانالتحكيم ، وتقدير مكافآتهم ، وإقرار نتائج عملهم ، وتنظيم مهرجان منح الجائزة وتحديد مكانه ، كما أنه المسؤول عن الإشراف على أي مشروع ثقافي يتفرع عن الجائزة والإعداد لأي لقاء فكري أو ندوة شعرية .

المادةالثالثة : يعقد المجلس اجتماعين في السنة علىالأقل ، في أي قطر عربي يختاره رئيس المجلس ، وللرئيس دعوته للانعقاد بصفةاستثنائية .

المادة الرابعة :في حالة تغيب أي عضو من حضور جلسات المجلس ثلاث مرات متتالية - بدون عذر يقبله الرئيس - يجوز للرئيس أن يسمي عضواً آخر مكانه ، ويتم إقرار تعيينهبموفقة المجلس .

المادة الخامسة :يقوم الأمين العام بتسليم الأعضاء جدول الأعمال قبل انعقاداجتماع المجلس بأسبوع على الأقل ، ولكل عضو أن يقترح عرض أمر من الأمور - كتابة - وللرئيس أن يعرض ما يراه على المجلس .

المادةالسادسة : يتولى الأمين العام خلال الأسبوعيناللاحقين لكل اجتماع للمجلس إخطار أعضائه بقرارات و توصيات المجلس و بملخص لمحضرالاجتماع .
ويعتبر العضو موافقاً عليها في حالة عدم وصول أي تحفظ منه عليها خلالأسبوعين من تسلمه لها .
و للأمين العام - بموافقة الرئيس - أن يختصر المددالسابقة لظروف يقدرها ، واختيار الوسيلة المناسبة للحصول على موافقة الأعضاء .
وفي كل الأحوال يتسلم الأعضاء محضر الجلسة ، قبل انعقاد الجلسة التالية لهابأسبوع على الأقل .

المادة السابعة : تصدر قرارات مجلس الأمناء بالأغلبية عند الحاجةإلى التصويت ، و إذا تساوت الأصوات يكون رأي الرئيس مرجحاً .

المادة الثامنة : يجوز للمجلس أنيشكل من بين أعضائه لجاناً خاصة لبحث الموضوعات المعروضة عليه .

المادة التاسعة : يجوز للمجلس - لظروف و أسباب يقدرها - تشكيل لجنة من أعضائه ومنغيرهم لاختيار بعض المرشحين لنيل الجائزة ، يعرضون مع سائر المتقدمين لنيلها علىلجان التحكيم حسب الشروط المعلنة .

المادةالعاشرة :مهمة الأمين العام للمجلس تنفيذ قراراته، والإعداد لاجتماعاته ، وله أن يستعين بمن يراه من معاونيه لأداء مهامه .

المادة الحادية عشرة : يمنح كل عضو مكافأة شهرية و تتحمل المؤسسة تكاليف سفر وإقامةالأعضاء من غير المقيمين في البلد الذي يتم الاجتماع فيه ، كما تصرف لهم بدلاتالحضور المتعارف عليها .

المادة الثانية عشرة : تعتبر هذه اللائحة مفصلة ومكمّلة للنظام الأساسي .

مجلس الأمناء الخامس  :

ثم أعيد تشكيل مجلس الأمناء في الأول من يناير عام 2005 م على النحوالتالي :

مجلس الأمناء السادس  :

ثم أعيد تشكيل مجلس الأمناء في الأول من يناير عام 2008 م على النحوالتالي :